España, tres millones de PCRs después

A mediados de enero, detrás de la puerta 53-01-162 del Centro Nacional de Microbiología (CNM-ISCIII) aún se respiraba cierta tranquilidad. El equipo de Inmaculada Casas, del laboratorio de Virus Respiratorios y Gripe, preparaba las primeras pruebas de diagnóstico RT-PCR para detectar el coronavirus SARS-CoV-2 que acababa de aparecer en China. “El Centro Europeo para la Prevención y Control de Enfermedades (ECDC) nos envió el primer protocolo desarrollado por Christian Drosten en el hospital Charité de Berlín y pedimos los primeros reactivos el día 13 para empezar a validarlo”. Llegaron por vía urgente el 16 y al día siguiente, el viernes 17 de enero, ya se hizo el primer test por PCR en el laboratorio de referencia de España. Como muchas otras en aquel momento, la prueba dio negativo. Durante unos días ni siquiera tuvieron casos positivos con los que comprobar la eficacia del test, pero la situación pronto iba a cambiar.Unas semanas después, a finales de enero, llegaron hasta este centro de Majadahonda, en Madrid, las primeras muestras de casos importados. El primer positivo fue el de un turista alemán que había viajado a La Gomera y quedó en cuarentena en su hotel. “Aquella fue la primera vez que vimos al virus de verdad”, recuerda Casas. Ya tenían su “foto” y podían trabajar con él. En febrero la situación de alerta sanitaria hizo que se reforzaran los equipos, se estableció una unidad especial de unas 12 personas de otros laboratorios que recibieron formación para hacer las pruebas diagnósticas los fines de semana. “Ya teníamos preparadas las PCRs y como centro de referencia todos los casos pasaban por aquí”, recuerda Jesús Oteo, director del CNM.Unos días después, el goteo de casos se fue acelerando. Las órdenes del Centro de Coordinación de Alertas y Emergencias Sanitarias (CCAES), dependiente de Sanidad, fueron primero que todas las pruebas que se autorizaran en España, solo de casos procedentes de China e Italia, se realizaran en el CNM. Ante el aumento de casos, se autorizó que otros centros realizaran los test, pero también debían ser validados por el Instituto de Salud Carlos III. Pronto comenzaron a no dar abasto. “Empezaron siendo una o dos comunidades”, recuerda Casas, “pero cada vez más zonas iban notificando casos posibles, generalmente importados, que venían de China o de Europa pero antes habían pasado por China. A finales de febrero llegaron casos sospechosos de los italianos”. “Ahí coincidieron varias cosas”, afirma Oteo. “Con el aumento de la demanda era difícil dar respuesta en un solo centro, algunos laboratorios de las comunidades ya habían ganado experiencia, y a partir de ahí ya fue un poco cada uno como pudiera”.

La llegada del tsunami

Entre la última semana de febrero y la primera de marzo la solicitud de pruebas se disparó. “Ahí empezamos a asustarnos y a tener conciencia de que la curva podría subir”, asegura Oteo. En pocos días la situación se desató y, a partir del decreto de estado de alarma del 14 de marzo, la necesidad de pruebas se multiplicó de manera exponencial. Tocaba reforzarse y reinventarse. “El CNM cerró su actividad habitual y se dejó todo para urgencias”, recuerda su director. “Un laboratorio de siete personas se amplió a uno de 50 o 60, con la ayuda de cinco o seis grupos coordinados, y hubo que recuperar gente que no se dedica habitualmente a virus respiratorios y darles formación”.Algunos grandes centros hospitalarios habían decidido coordinar esfuerzos a finales de enero y se habían preparado por su cuenta. “En ese momento los hospitales empezamos a hacer un proceso de formación técnica”, recuerda Patricia Muñoz, jefa de Microbiología Clínica del hospital Gregorio Marañón de Madrid. “La situación supuso un cambio total de nuestro servicio”, explica. “Si comparamos estos tres meses de 2019 con los de 2020, las muestras han aumentado un 73%. Ha sido una cosa bestial”. Para hacerse una idea, las primeras PCR de su hospital se realizaron el 23 de febrero y el primer positivo apareció el día 29. La curva de PCRs que realizaban en el hospital se dispararon en las dos siguientes semanas:

23 de febrero - 2 PCRs

29 de febrero - 45 PCRs

5 de marzo - 128 PCRs

12 de marzo - 200 PCRs

…

17 de marzo - 852 PCRs

En los grandes hospitales de Barcelona vivían una experiencia parecida. “En pocos días teníamos el 90% de laboratorio trabajando solo para eso”, explica Tomàs Pumarola, jefe de Microbiología del hospital Vall d’Hebron. Él y su equipo habían diseñado sus propias PCRs el 31 de enero, usando sus propios reactivos y entrenando a profesionales de otras especialidades. Cuando empezaron a llegar los casos de la segunda semana de marzo, tuvieron que reforzar el servicio. “La unidad de biorespiratorio, que generalmente tiene cuatro personas trabajando, en aquel momento tenía a 25 personas, y estábamos haciendo técnicas caseras”. En su máximo de producción, llegaron a hacer hasta un millar de PCRs diarias.

Un cuello de botella

Durante unos días tras la declaración de estado de alarma, el CNM y los hospitales pudieron seguir haciendo PCRs a un ritmo creciente, pero a finales del mes se produjo el gran “cuello de botella”. Otros países recibieron el impacto de la pandemia y se cerró el grifo de las exportaciones. Los laboratorios comerciales no habían desarrollado aún sus kits de PCR y la situación internacional, con cierres del espacio aéreo, hacían escasear los reactivos. La ola fue llegado a distinto ritmo a diferentes lugares de España. “No teníamos los turnos de trabajo para la carga, había roturas de stock a todos los niveles y ahí todos los hospitales lo pasamos mal”, recuerda Francisco Álvarez de Luna, jefe de Microbiología del hospital Juan Ramón Jiménez de Huelva. “No teníamos reactivos, y esto nos llevo a un reto, intentar conseguir de diferentes distribuidores, de diferentes marcas, inventar un nuevo protocolo”. En su caso, y en el de otros muchos, el reactivo que se agotó fue el necesario para la extracción del ARN de la muestra. “Tuvimos que poner en marcha protocolos de extracción caseros, de extracción térmica, que nos ayudaban a saltar ese paso de extracción comercial”, subraya.

“La gente quería la respuesta en media hora y nosotros, que éramos los mas rápidos, tardábamos diez”

“A finales del mes de marzo y hasta Semana Santa vivimos la situación más difícil”, explica el doctor Pumarola. “Aún no teníamos técnicas cien por cien automatizadas, la avalancha y la presión eran enormes. La gente quería la respuesta ya, lo querían en media hora, y nosotros éramos los mas rápidos y tardábamos diez horas en tener el resultado, pero para el que estaba en urgencias era demasiado”. Por si fuera poco, en varios momentos se quedaron sin hisopos, los característicos bastoncillos alargados para tomar las muestras. “Cada día no sabíamos si íbamos a tener reactivos. Fue desesperante”, recuerda la doctora Muñoz. “Y otro problema era no saber si íbamos a tener las torundas, porque de ambas cosas la producción es extranjera”.Paralelamente, en el laboratorio de Inmaculada Casas, en el CNM-ISCIII, la carga de trabajo seguía creciendo. Una parte de las tareas consistía en atender a muchos hospitales que no podían hacer sus propias pruebas y validar la fiabilidad de algunos kits de diagnóstico. De las cien PCRs al día, el equipo de Casas pasó a hacer más de trescientas, mientras atendían a los hospitales que le consultaban cómo adaptar sus reactivos y sistemas ante la escasez de recursos. Aquellos días todo parecía irreal. “Perdías las noción del tiempo”, recuerda Casas. “Llegabas a Majadahonda por una M-40 sin coches y cuando llegabas aquí era la locura”. Aquel contraste entre lo que había fuera, una quietud que parecía sacada de una película de zombis, y la actividad frenética en los laboratorios se le quedó fijada en la memoria.

“Tuvimos que ir cambiando y ser muy flexibles, hacer todo tipo de PCRs”

Los jefes de Microbiología de los distintos centros también recuerdan la solidaridad entre equipos que se vivió aquellos días. Todos trabajaron a brazo partido e incluso se ayudaron entre hospitales prestando material cuando alguien se quedaba parado en algún punto de la cadena. “Tuvimos que ir cambiando y ser muy flexibles, hacer todo tipo de PCRs”, señala Muñoz. “La idea era que todos los hospitales pudieran seguir haciéndolo y usar la imaginación”. En el Gregorio Marañón consiguieron movilizar una máquina de PCRs que les prestó un grupo de veterinarios, que la usaban para diagnosticar gripe porcina. “Nos salvó, porque hacía hasta 96 pruebas a la vez, en tandas muy amplias que hacíamos en turnos de 24 horas sin parar”, dice la especialista. “Y sigue funcionando muy bien. ¡Tenemos un dibujo de un cerdito en el laboratorio como homenaje!”, se ríe.

La multiplicación de las PCRs

Con el fin de la Semana Santa, la situación fue recobrando poco a poco cierta normalidad en los laboratorios. “Se cruzaron dos curvas”, explica Jesús Oteo. “El descenso del número de casos y de la demanda de pruebas coincidió con el aumento de las capacidades comerciales, sobre todo para los hospitales”. La clave fue que las empresas que producían reactivos, ahora muchas de ellas españolas, pudieron recomponerse y preparar los kits para las máquinas, y los hospitales pudieron automatizar más procesos.Tres meses después, el ministerio de Sanidad anunciaba esta semana que España ha realizado más tres millones de pruebas PCR desde que comenzó la pandemia de covid-19. A fecha de 11 de junio, explicaba la nota de Moncloa, se han llevado a cabo un total de 3.061.738 pruebas diagnósticas PCR. El camino para llegar hasta aquí ha sido largo y muy costoso. Atrás quedaron los momentos más duros, los picos de producción en los que hasta el 70% de las PCRs del Vall d’Hebron y el 85% del Gregorio Marañón eran positivas. En este último hospital se llegaron a hacer más de 1600 PCRs en un solo día y hasta este miércoles han realizado 75.175. En un solo centro, calculan, han diagnosticado hasta un 17% de los casos madrileños.En muchos hospitales disponen ahora de máquinas que muestrean, pipetean y acortan muchos pequeños pasitos que durante los momentos más graves de la crisis tenían que hacer los técnicos a toda velocidad y con el peligro de contaminar las muestras. Nuestra capacidad multiplicada de rastreo garantiza que si hay una segunda oleada no sea tan violenta como la primera. En el Gregorio Marañón están a punto de recibir una máquina que automatiza todos los procesos y en cuatro horas y media puede hacer hasta 2.600 PCRs. “Pero siempre se necesitará muchísimo personal, porque hay pasos que son completamente manuales y necesitas que un experto interprete los resultados”, explica la responsable de Microbiología clínica del hospital. En opinión de Muñoz ha quedado claro que la decisión de restar recursos de los departamentos de microbiología de los hospitales fue un completo error y que a la par hay que invertir en investigación y no ser tan dependientes del exterior en todo.“Esto nos puede dar una lección que nosotros tenemos la intención de aprender y dejar por escrito”, añade el director del CNM. “Hay que recordar qué hemos hecho para que, si vuelve a pasar, nos sirva de aprendizaje y tengamos procedimientos más ágiles en función de la experiencia”. Inmaculada Casas, la responsable del laboratorio de referencia donde empezó todo, cree que el factor humano es fundamental, tener suficiente gente formada en laboratorios de microbiología fuertes. “La otra parte es el desarrollo tecnológico”, concluye. “Cuando aparece un nuevo virus no hay desarrollado nada para detectarlo, hay que empezar de cero y eso lleva mucho tiempo de estandarización. No se puede hacer en dos días, se tiene que hacer bien”. Si apareciera mañana otro patógeno en el horizonte, la rueda volvería a empezar a girar otra vez, y debemos aprender que cuantos más medios y profesionales tengamos, más rápido podremos hacerle frente. Lo que aprendamos de esta tragedia nos servirá para acortar, la próxima vez, el camino que hay entre cero y tres millones de PCRs.                                                                    ...

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